典型的尖锐湿疣通过专科医生的临床经验和患者典型皮疹即可判断。一些不典型的尖锐湿疣则可以通过以下方法的不同组合加以鉴别。

1、醋酸白试验：以3%-5%醋酸浸湿的纱布或棉拭子敷于皮损表面，3-5分钟后患处变的与周围正常组织间形成明显的反差，是为醋白拭验阳性。对发现尚未出现肉眼可见改变的亚临床感染是一个有用的手段。表现为境界清楚的白色斑片或斑点。醋白试验简单易行，应作为尖锐湿疣患者的一个常规检查手段，可正确确定病变的范围，进而指导治疗。但醋白试验并不是一个特异性的试验，对上皮细胞增生或外伤后初愈的上皮可出现假阳性的结果。

2、甲苯胺兰试验：甲苯胺蓝是一种细胞核的染色剂，可停留在细胞核成分较多的组织中。由于皮肤粘膜的角质蛋白可阻止甲苯胺蓝的穿透性，故可用作检测发生于体表皮肤粘膜等部位的增生性肿瘤。尖锐湿疣也属于一种增生性疾病，其病变组织中细胞核大、深染的凹空细胞可使着色的甲苯胺蓝不易被清除掉，因此可用于尖锐湿疣的诊断与鉴别诊断。甲苯胺蓝试验阳性表现为用脱色液后蓝色染料未被清除仍保留为深蓝色者。甲苯胺蓝试验阴性表现为用脱色液后蓝色染料被清除掉或仅呈淡蓝色者。甲苯胺蓝试验阳性提示有尖锐湿疣、尖锐湿疣亚临床表现。

3、女性宫颈细胞学检查：主要用于检查女性阴道或宫颈上皮有否HPV的感染，在被检部位刮取细胞并涂于玻片上，以95%酒精固定，常用巴氏(Papanicolaou)染色法，镜下所见分为五级，Ⅰ级：正常，Ⅱ级：炎症，Ⅲ级：可疑癌，Ⅳ级：高度可疑癌，Ⅴ级：癌症。Ⅱ级又分Ⅱa及Ⅱb。Ⅱa系炎症细胞，Ⅱb涂片中除炎症细胞外尚含少许轻度核异质细胞。对涂片示Ⅱb的病例应随访，定期检查。为确定有否HPV感染，需用特异性抗HPV抗体，作组织化学染色或采用原位杂交技术。

4、免疫组织学检查：常用过氧化物酶抗过氧化物酶方法(即PAP),显示湿疣内的病毒蛋白,以证明疣损害中有病毒抗原。HPV蛋白阳性时,尖锐湿疣的浅表上皮细胞内可出现淡红色的弱阳性反应。

5、组织病理学检查：典型尖锐湿疣的镜下所见为表皮呈乳头瘤样增生，棘层肥厚，表面有轻度角化亢进及角化不全。在棘细胞层及颗粒层内可见空泡化细胞，细胞胞体较大，有一圆形深染的核，核周空泡化，淡染，在核膜及浆膜间有丝状物相连，使细胞呈猫眼状。

6、皮肤镜检查：皮肤镜又称皮表透光显微镜，其本质是一种可以放大数十倍的皮肤显微镜；其功能和眼科用的眼底镜、耳鼻喉科用的耳镜一样，是用来观察尖锐湿疣表面颜色变化和其病理变化的关联性，

7、阴道镜检查(Colposcopy)：阴道镜是特殊的放大镜，主要用于对宫颈阴道部粘膜的观察，可用于外阴及阴道上皮的检查。

8、HPV-DNA检查：采用敏感的分子生物学技术为聚合酶链反应(PCR)，从尖锐湿疣患者的配偶或性伴侣的外阴部或阴道拭子标本中提取的DNA作模板，进行扩增，发现有相当比例的配偶或性伴侣HPV检出阳性，而尽管他(她)们临床上既无尖锐湿疣的损害，也无亚临床的感染，可以说是HPV携带者。