慢性膀胱炎常伴有结石、畸形或其它梗阻因素，为非单纯性膀胱炎。因此，慢性膀胱炎治疗的首要问题是纠正尿路的复杂因素。尿路复杂因素纠正后可予以较长时间的抗菌疗法，具体内容可参考慢性肾盂肾炎的治疗。

有人建议，患慢性膀胱炎时要配合局部治疗，可采用抗菌膀胱灌洗术。常用的灌洗液是生理盐水100mL内含1∶20000青霉素或1%呋喃西林或40万单位庆大霉素，将灌洗液灌入膀胱内，留置30分钟后放出，如此反复4～6次。灌洗后可灌注5%弱蛋白银30mL及2%奴佛卡因2mL以保护膀胱粘膜。